สาขาวิชาจุลชีววิทยามีปรัชญาในการพัฒนาด้านวิชาการและการวิจัย เพื่อบรรลุความเป็นเลิศทางวิชาการด้านจุลชีววิทยา และสร้างความเข้มแข็งด้านวิทยาศาสตร์จุลชีววิทยา สร้างองค์ ความรู้และเป็นแหล่งอ้างอิง มีผลงานเป็นที่ยอมรับ และเกิดประโยชน์แก่สังคม ในขณะเดียวกันก็มุ่งหวังผลิตบุคลากรด้านจุลชีววิทยาที่มีคุณภาพและคุณธรรมเพื่อรับใช้สังคมได้อย่างมีประสิทธิภาพ